تم إنشاء المركز الوطني للتصديق الرقمي وفقا لقرار اللجنة الدائمة للتجارة الالكترونية بتاريخ 10/1/1422هـ والذي أناط مهمة إنشاء وتشغيل البنية التحتية للمفاتيح العامة لمدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية، وتمت الموافقة السامية على ذلك بتاريخ 17/5/1422 هـ بموجب الأمر السامي رقم7/ب/9378، وقد تم نقل مهام المركز الوطني للتصديق الرقمي من مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية إلى وزارة الاتصالات وتقنية المعلومات في مطلع عام 1426هـ كما نصت على ذلك المادة السادسة عشرة من الفصل السادس لنظام التعاملات الإلكترونية.

ويتمثل دور المركز الوطني للتصديق الرقمي في تقديم منظومة متكاملة لإدارة البنية التحتية للمفاتيح العامة والتي تقوم عليها كافة الأعمال الإلكترونية كالتجارة الإلكترونية والحكومة الإلكترونية. وتمكّن هذه المنظومة المتعاملين عن طريق شبكة الإنترنت بمختلف فئاتهم (حكومة، مواطنون، أعمال) من إجراء مختلف العمليات الإلكترونية بسرية وموثوقية وسلامة تامة.

وقد تم تطوير السياسات العامة والمعايير النظامية للبنية التحتية للمفاتيح العامة في المملكة من خلال إنشاء اللجنة العليا للسياسات والأنظمة الخاصة ببنية المفاتيح العامة، والتى تعنى بدراسة الجوانب النظامية لإصدار الشهادات، وضوابط الاستخدام، ووضع السياسات الوطنية والإجراءات التي تنظم تقديم الخدمة، كشروط ترخيص مقدمي الخدمة، وآلية الإشراف على عمل مراكز التصديق ومراكز التسجيل، وطرق المتابعة والتدقيق.

وتعتمد استراتيجية المركز الوطني للتصديق الرقمي في إدارة البنية التحتية للمفاتيح العامة في المملكة على نموذج بنيوي يحتوي على مركز التصديق الجذري السعودي ومراكز التصديق المندرجة تحته كمركز التصديق الحكومي ومركز تصديق الأفراد ومركز التصديق التجاري، حيث يتولى المركز الوطني للتصديق الرقمي إستضافة وإدارة مراكز التصديق في مركز أمني موحد يسمى بمركز الخدمات المشتركة، ويكون هذا المركز مسؤولاً عن إصدار الشهادات الرقمية والإدارة الشاملة لشهادات مقدمي خدمات التصديق. وتعمل جميع مراكز التصديق سوياً من أجل إصدار الشهادات الرقمية للمستفيدين بأنواع مختلفة (شهادة تشفير، شهادة هوية، شهادة توقيع رقمي)، وذلك لتمكين مستخدمي التعاملات الإلكترونية الحكومية أو التجارية من إجراء معاملاتهم الإلكترونية بسرية وموثوقية وسلامة تامة.